Det fortælles, at en enlig mor tilbage i 1948 landede sit barn på præstens skrivebord og bad kirken om at oprette en børnehave. Det lyder som en vandrefortælling og er det nok også. Men den refererer til det faktum, at Byen tidligt fik mange mindre børnehaver, som alle var og er knyttet til den lokale kirke – og dét forhold viser, at kirken altid har været socialt sindet og således kommet behov i møde, før de blev en del af det offentlige og kommunale Danmark. Der var simpelthen et behov for børnepasning også før 1960’erne, hvor mange kvinder/mødre kom ud på arbejdsmarkedet og bidrog til den fælles rigdom, som velfærdssamfundet er. Så behovet for børnepasning var nok ikke så omfattende i 1948, men det var der, for hvordan skulle en enlig mor/enke kunne tjene til livets ophold, hvis hun også skulle passe sine børn i dagtimerne? Så præsten og kirken tog imod opfordringen - hvis vandrehistorien skal afrundes.
Garnisonskirkens Børnehave blev indviet 8. september 1948 som nødbørnehave og havde til huse i nogle såkaldte ’tyskerbarakker’, som besættelsesmagten havde efterladt mange af rundt omkring i landet. Nødbørnehaven blev snart permanent, som den slags ofte gør, men den nuværende bygning blev først opført i 1984 af Københavns Kommune på kirkens grund. Den er rimelig nedslidt og står i sommeren 2014 foran en omfattende restaurering, foranstaltet af bygningens nye ejer, Garnisons Kirke.
Børnehaven blev ledet af den legendariske, frk. Maria Schjørring, i samtfulde 35 år, og det skete med fast, men kærlig hånd. Derefter overtog hendes mangeårige medarbejder, Elsebeth Lynghøj Jensen, ledelsen, og det var i hendes periode, at småbørnsgruppen (2-3 årige) kom til. I 1999 blev Karen Poulsen-Hansen leder, og på hendes initiativ blev skulptur-legepladsen indrettet, fordi hun simpelthen mente, at børn havde godt af kunst, og fordi granitskulpturer blev ældet på en mere yndefuld måde end legeredskaber af plastik. Der var dog visse sikkerhedsmæssige problemer ved skulpturerne, og i dag står flere af dem rundt omkring på kirkepladsen, som især om foråret og efteråret flittigt benyttes af børnehaven som ekstra område.
I 2009 blev Henrik Kjeldstrøm leder, og sammen med bestyrelsen fik man i 2013 etableret overgangen fra selvejende institution med kommunal driftsoverenskomst til privat institution i kirkens regi. Processen var ret omfattende, men den var foranlediget af det kommunalpolitiske ønske om at sammenlægge de mindre børnehaver til større enheder. De vi gerne ville være ’herrer i eget hus’ og egentlig frygtede for for store omvæltninger for både børn og personale gennem en sådan sammenlægning, gik børnehaven ’den private vej’. Ejendomsforholdet til bygningen skulle afklares, vi skulle have den nødvendige godkendelse af kommunen for at opnå de nødvendige tilskud, og privatiseringen betyder, at vi økonomisk står på helt egne ben og selv skal skaffe os vores ’kunder’. Det hele lykkedes ved, at menighedsrådet købte bygningen af kommunen, at den nu bliver istandsat, at vi kan fastholde forældrebetalingen på det sædvanlige niveau, og at budgetteringen synes holdbar. Men det er ikke risikofrit, for det gamle ’sikkerhedsnet’ i kraft af en driftsoverenskomst er væk.
Gennem hele børnehavens historie har der været et tæt samarbejde mellem børnehave, kirke, menighedsråd, organist og præst. På børnenes præmisser er der i dag ugentlige sangtimer i menighedshuset og månedlige børnegudstjenester i kirken, ligesom den megen leg på kirkepladsen tilfører dette lille grønne område en livfuldhed, som er alle til gavn.